差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法研究簡(jiǎn)介，目錄書摘
基因芯片差異基因表達(dá)檢測(cè)技術(shù)的核心方法通常基于統(tǒng)計(jì)學(xué)原理，即利用統(tǒng)計(jì)學(xué)中的假設(shè)檢驗(yàn)從基因表達(dá)譜中篩選出潛在的特異性基因。本書主要針對(duì)癌癥樣本組子集的差異基因表達(dá)檢測(cè)進(jìn)行研究，討論比較常用的差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法，提出新的差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法，進(jìn)行對(duì)比研究。
紀(jì)兆華，男,教授，計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)專業(yè)博士，信息與通信工程學(xué)科博士后，中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所“訪問(wèn)學(xué)者”，環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)科博士后。內(nèi)蒙古自治區(qū)“草原英才”、內(nèi)蒙古自治區(qū)教學(xué)名師、內(nèi)蒙古自治區(qū)新世紀(jì)321人才第二層次人選，2014年經(jīng)遴選參加浦東干部學(xué)院舉辦的“青年科技領(lǐng)軍人才創(chuàng)新能力培訓(xùn)班”。主要研究方向?yàn)樯镄畔W(xué)、數(shù)據(jù)挖掘、云計(jì)算和大數(shù)據(jù)處理及生物技術(shù)領(lǐng)域工作。先后主持教育部社會(huì)科學(xué)研究課題、內(nèi)蒙古自治區(qū)自然科學(xué)基金以及國(guó)家發(fā)改委專項(xiàng)、內(nèi)蒙古自治區(qū)重大科技專項(xiàng)和內(nèi)蒙古自治區(qū)戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)項(xiàng)目等。
1.1 生物芯片概述
1.2 基因芯片簡(jiǎn)介
1.2.1 基因芯片的原理
1.2.2 基因芯片的分類
1.2.3 基因芯片的應(yīng)用
1.3 基因芯片數(shù)據(jù)差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法
1.3.1 差異表達(dá)基因檢測(cè)概述
1.3.2 傳統(tǒng)差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
1.3.3 其他相關(guān)的差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
1.4 變點(diǎn)問(wèn)題的研究
1.5 變點(diǎn)理論應(yīng)用于差異表達(dá)基因檢測(cè)
1.6 微陣列基因芯片數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)資源介紹
1.7 本書的研究?jī)?nèi)容
第2章 差異表達(dá)基因檢測(cè)樣本子集過(guò)表達(dá)的統(tǒng)計(jì)方法
2.1 生物學(xué)背景
2.2 差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法介紹
2.2.1 基于均值的差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
2.2.2 基于中值的差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
2.2.3 基于樣本表達(dá)值特定百分比的差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
2.3 實(shí)驗(yàn)與分析
2.3.1 ROC曲線比較
2.3.2 FDR曲線比較
2.3.3 算法分析
2.4 討論
第3章 TriORT差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法
3.1 引言
3.2 TriOTR方法
3.3 實(shí)驗(yàn)與分析
3.3.1 仿真研究
3.3.2 真實(shí)數(shù)據(jù)研究
3.4 小結(jié)
第4章 TriMOST差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法
4.1 引言
4.2 TriMOST方法
4.3 實(shí)驗(yàn)與分析
4.3.1 仿真研究
4.3.2 真實(shí)數(shù)據(jù)研究
4.4 小結(jié)
第5章 差異表達(dá)基因檢測(cè)統(tǒng)計(jì)方法在乳腺癌數(shù)據(jù)上的應(yīng)用
5.1 引言
5.2 差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
5.2.1 已有方法介紹
5.2.2 TriORT方法和TriMOST方法
5.3 實(shí)驗(yàn)與分析
5.3.1 ROC曲線仿真實(shí)驗(yàn)
5.3.2 FDR曲線仿真實(shí)驗(yàn)
5.3.3 真實(shí)數(shù)據(jù)集實(shí)驗(yàn)
5.3.4 各方法找到的和乳腺癌相關(guān)的基因分析
5.4 小結(jié)
第6章 變點(diǎn)理論統(tǒng)計(jì)分析
6.1 引言
6.2 基于變點(diǎn)理論的統(tǒng)計(jì)方法
6.2.1 變點(diǎn)
6.2.2 檢測(cè)變點(diǎn)的常用方法
6.3 變點(diǎn)理論的應(yīng)用
6.3.1 變點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)推斷問(wèn)題研究
6.3.2 采用貝葉斯法檢測(cè)多個(gè)變點(diǎn)的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)
6.3.3 癌癥差異表達(dá)基因檢測(cè)
6.4 變點(diǎn)統(tǒng)計(jì)分析方法在差異表達(dá)基因檢測(cè)中的應(yīng)用
6.5 小結(jié)
第7章 基于樣本子集的差異表達(dá)基因檢測(cè)方法比較
7.1 引言
7.2 差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
7.2.1 T統(tǒng)計(jì)方法
7.2.2 相對(duì)正常組樣本的半T統(tǒng)計(jì)方法
7.2.3 相對(duì)癌癥組樣本的半T統(tǒng)計(jì)方法
7.2.4 增加參數(shù)的半T統(tǒng)計(jì)方法
7.3 實(shí)驗(yàn)和結(jié)果分析
7.3.1 基因表達(dá)強(qiáng)度相同時(shí)，差異表達(dá)基因數(shù)目變化
7.3.2 差異表達(dá)基因數(shù)目相同時(shí)，增加的基因表達(dá)強(qiáng)度變化
7.3.3 基因表達(dá)強(qiáng)度相同，差異表達(dá)基因數(shù)目相同，基因數(shù)目不同
7.3.4 基因表達(dá)強(qiáng)度相同，差異表達(dá)基因數(shù)目相同，基因數(shù)目相同時(shí)，樣本數(shù)目不同
7.4 小結(jié)
第8章 基于變點(diǎn)理論的差異表達(dá)基因檢測(cè)
8.1 引言
8.2 差異表達(dá)基因檢測(cè)的生物信息學(xué)基礎(chǔ)
8.3 差異表達(dá)基因檢測(cè)方法
8.3.1 T檢驗(yàn)方法
8.3.2 PPST置換百分比分離測(cè)試方法
8.3.3 LRS基于似然率方法
8.3.4 基于最小二乘法的變點(diǎn)差異表達(dá)基因檢測(cè)
8.4 差異表達(dá)基因檢測(cè)方法性能評(píng)價(jià)
8.5 乳腺癌公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)研究分析
8.6 小結(jié)
第9章 總結(jié)與展望
9.1 總結(jié)
9.2 展望
參考文獻(xiàn)
京公網(wǎng)安備 11000002000088號(hào)
